到了东汉期间，尚书机构叫做尚书台，由于光武帝刘秀将三公吉祥归天，诏书不必像西汉期间那样经由丞相和御史大夫的谈论，而是可以由尚书台直接发出，于是这个机构一下子就牛逼起来了，尚书台的主座尚书令也被称为“三独坐”之一。由于成了起草诏书，出台政策的地方，大臣要执掌朝政就必须录尚书事，也便是掌管尚书台。
刘秀
由于尚书台变得日益主要，其事情变得更加繁杂，机构也逐步扩充。尚书台发出的号令须要由九卿等政务官员进行履行，因而尚书要常常作为天子的代理人对政务官员进行命令传达、事情辅导。逐渐地，尚书台开始向着政务机构的方向发展，其统领的各个部曹也有了正式的名字。
到曹魏期间设立了中书机构，分走了尚书机构节制机要和参奏的权益，尚书台便转型成了政务机构。转型后的尚书令和尚书仆射更像是主持政事的宰相，而卖力详细事务的各部尚书则在权益方面和九卿产生了很大的重叠。关于尚书和九卿的权益重叠在西晋期间引发了大臣们的诸多谈论，末了在东晋期间对九卿进行了大规模的裁并，从此尚书处理政务成为了正规模式，尚书令也不再是天子的私人秘书，而是朝臣领袖了。
中书从出身到发展都和尚书密不可分。中书产生于汉武帝期间，全称是中尚书，从名字就知道这个职位和尚书有很大的关系。汉武帝为了方便在后宫处理政务，用可以出入后宫的宦官担当中书，卖力通报尚书的奏章。
西汉期间中书时置时废，东汉时没有设置中书。到了东汉末年，曹操设置秘书令，主管尚书奏事，十分类似西汉期间的中书令，但秘书令由士人而非宦官担当。曹丕代汉后，改秘书为中书，主座叫中书监，次官叫中书令，仍由士人担当。
曹操
曹魏的中书监机构取代了尚书台典掌机要以及出纳奏章的权益，成为了天子个人新的办公厅。并且由于中书监长期陪伴天子，其不但可以发布政令，还可以参与政务决策。因而虽然尚书令的地位高于中书监，但官员们更加乐意呆在中书省。东晋期间的权臣常日都要一边录尚书事，一边担当中书监，以掌控全局。
到了南朝期间，由于皇权力量比较东晋有了大的进步，天子们开始削弱士族权臣，提拔重用寒人，于是中书监、令等的权益逐渐被转移，地位轻微的中书舍人每每行使主要职责。到了南齐和南梁，中书舍人对中书省的掌握正式形成制度化，机构也逐步完善，在中书舍人之下形成各个局，在政务方面辅导尚书各曹，十分类似当年尚书和九卿的关系，这种机构也被人称为中书舍人省。但由于南陈被隋朝所灭，终极历史没有沿着这道轨迹发展下来。
和上述两个机构比较，门下省的情形说麻烦也麻烦，说大略也大略。麻烦是指其组织机构的变革非常繁芜，不好理清楚，大略则是指其职能比较稳定，没有大的变动。
门下最初不是一个特定的官署机构，而是对天子身边的侍从、侍中、旁边曹、诸吏、散骑、常侍、给事中等职员的统称。这些职员里最主要的是是侍中，侍中最初是加官，其职能包括伺候天子和充当顾问。到了东汉后期，侍中组织开始健全，设立了侍中寺的机构，成为后来门下省的雏形。侍中寺的另一主要官职是黄门侍郎，也称门下侍郎。
到了西晋期间，侍中寺进一步扩充，并改名门下省，散骑常侍和散骑侍郎也被归入个中。魏晋期间的散骑常侍和散骑侍郎陪伴天子身边，常常参与国事谈论，属于天子的顾问团队，是由贵族子弟担当的显职。东晋期间撤销了散骑常侍等，到了刘宋期间又重新设置，并成立了散骑省，又叫集书省，常被称呼为小门下，而南齐期间则干脆把集书省交由门下省统领。但此时的集书省基本成了闲散机构，其职位一样平常都是作为名誉性官职付与年迈官员。到了南梁期间，集书省又从门下省中被分离出，地位和权益也得到了提升，散骑常侍和侍中相称。门下省的部分职责也被划给了集书省，例如省阅奏文、提出见地等，两者成为了并立的机构。
刘裕
和尚书以及中书一贯在改变职责不同，门下省长期都是天子的私人顾问，因而其地位也随皇权的强弱而变革。在曹魏和西晋这种天子掌权的期间，侍中自然是主要职位，可以对政策制订起到关键浸染。但到了东晋期间，侍中的主要性便随之衰减。而到了南朝，侍中又再次主要起来，在天子授权的情形下，乃至可以直接行使政务。
