可是在叛逆前一个月，张角一名叫做唐周的徒弟密告，供出京师的内应马元义，马元义被车裂，官兵大力逮杀信奉太平道信徒，诛连千馀人，并且敕令冀州追捕张角。由于事出溘然，张角被迫提前一个月在仲春发难，史称黄巾叛逆或黄巾之乱，由于叛逆者头绑黄巾，以是被称为\"大众黄巾\"大众或\"大众蛾贼\"大众，张角自称\公众天公将军\"大众，张宝、张梁分别为\公众地公将军\"大众、\公众人公将军\"大众在北方冀州一带发难。他们烧毁官府、杀害吏士、四处劫略，一个月内，全国七州二十八郡都发生战事，黄巾军势如破竹，州郡失落守、吏士亡命，震撼京都。
汉室支配
汉灵帝见太平道如此厉害，匆忙於3月戊申日以何进为大将军，率旁边羽林五营士屯於都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、演习士兵、整点武器、调集义军，如刘备就受到贩子张世平、苏双帮助组织叛逆师投靠校尉邹靖讨贼立功。
皇甫嵩上谏哀求解除党禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气，而吕彊又对灵帝上言：「党锢久积，若与黄巾同谋，悔之无救。（党锢之祸积怨日久，若果与黄巾同谋\，恐怕已经无救了。）」汉灵帝收受接管提案，在壬子日大赦党人，发回各徙徒，哀求各公卿捐出马、弩，保举众将领的子孙及民间有深明计策的人到公车署接管口试。
而另一方面又发精兵弹压各地乱事：卢植领副将宗员率北军五校士卖力北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱隽各领一军，掌握五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颖川一带的黄巾军，朱隽又又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，携同亲里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱隽军连军。庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，相应张角。
汉军在首战并未得利，於4月，朱隽军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀去世幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
反撃战
5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军接济。不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时份吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破仇敌，大呼进攻，城上亦举出火把相应，皇甫嵩以鼓助战，突入敌阵，黄巾军大乱，四处奔忙。又遇上曹操的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
6月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，斩杀了张曼成。黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人霸占宛城。而皇甫嵩与朱隽军连续攻击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最後在西华大败彭脱，馀军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻陷城池。正值灵帝派左丰察看军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调度：皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人「五斗米师」张修攻打郡县，但未受到汉室重视。
清剿馀敌
朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能占领，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才弗成。但朱隽仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱隽又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山不雅观望城内。朱隽军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱隽则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭仇敌後方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军求和。张超、徐璆和秦颉都认为可以接管，但朱隽认为如接管的话，会给百姓有利为贼，无利求和的缺点不雅观念，便不接管并急攻敌军，可是数战也不能占领，朱隽登上土山不雅观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，以是未能占领。朱隽便解开围军，韩忠果真出战，被朱隽大破，朱隽向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠屈膝降服佩服，秦颉一向与韩忠反面，便将他杀去世。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军终结，平定宛城一带。185年春天，班师回京。
另一方面，于8月皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不堪利，无功而还，便在乙巳日哀求皇甫嵩连续北上。不过，张角已经病去世，在10月於广宗便和张梁战斗，张梁军犟，於首战不能占领。在嫡，皇甫嵩闭营与士兵安歇，另一方面派人不雅观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，於逃走到河堤时溺死的也有五万多人，点火车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首领回京师。11月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱平息。
结果
乱事虽被平息，但汉室威信遇上一次严重的打击，但汉灵帝没有改革，反而连续享乐。於各地还不断发生小形叛乱，产生许多分散的势力，如黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的也有数千人，势力大的乃至有百万人，如张燕的黑山贼。
188年，黄巾军再次发生叛逆，黄巾余部纷纭发难。2月，郭太即是西河白波谷发难，攻略太原郡、河东郡等地。4月，汝南郡葛陂黄巾军中兴，攻没郡县。10月，青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。11月，汉廷叮嘱消磨鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾之乱般盛，但却令汉室十分头痛。
为了弹压平乱，于188年3月，灵帝接管太常刘焉的建议，将部份刺史改为州牧，由宗室或重臣担当，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易掌握地方，有效进剿黄巾余部。而正因汉灵帝下放权力，助优点所军拥兵自重，各群雄相互攻击，逐鹿中原，乃至东汉天子在军阀手中犹如无物，以是黄巾民变是匆匆使东汉灭亡的导火线，也是三国时期的序幕。虽然如此，乱事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。
