戊戌变法前夕，清廷内部帝后两党的斗争非常激烈。一天早朝完毕，光绪传旨要翁同稣留下。平时，光绪有事常与翁同稣商量，因此本日一听光绪帝要他留下就以为又有什么大事要找他商量，可是，文武百官追下去好半天后，光绪帝有难色地只盯住翁同稣的脸，欲言又止。翁同稣见了感到奇怪，忙回“皇上，看您彷佛有什么难为之处，论公，我们有君臣之分；论意，有师生之谊，有什么话，请只管嘱咐好了。”
光绪这才吞吐其辞地问翁同稣说：“你在常熟有九万圩吗””翁同稣莫名其妙地点头说：“有。”光绪又问：“怎么得来的””翁同稣如实回答：“是买来的，““花了多少银子””“七千两。”光绪听完翁同稣的回答，“啊！
”叹了一口气，招招手对翁同稣说：“你去吧。”说完就起驾回官了。弄得翁同麻丈二和尚摸不着头脑。
原来，昨天光绪到慈禧那儿请了午安回来，又收到了慈禧要他立时去的关照。元时匆匆赶到那儿，慈禧就声严容严地对光绪说，杨莘伯差报翁同稣在常熟强占良田九万圩。还说，“我们北人用马圈地，南方人用圩圈地，一圩少则几十亩，多则数百亩，九万圩该有多少地呢？翁同龢他满口两
袖清风，暗中却贪得无厌。对此，你要把翁同穌交刑部严加究处。”
光绪从慈禧处回来后，心想翁老师向来清正，怎会胡作非为，莫非有人诬告，想借我之手，杀翁老师以儆维新之士不成？但杨莘伯与翁同穌同籍，虽然平日彼此有隙，总不至于红唇白牙含血喷人！
因此，决定当面向翁同穌问个明白，现在见翁同穌一口承认，他就更感到事情的棘手难办了。
光绪帝回宫后，心里乱极了。过了好一会，他才从乱丝中理出个头绪来：且慢，让我先派人去常熟核实一下再作决定。于是，光绪叫来了心腹，命他速去速回。
那个心腹秘密地出了京城，马一直蹄地直奔江南。七天后，走进常熟县衙门，捧出光绪手谕，县官接过御书一看就说：“这真是天算夜的误会。“九万圩＇不是九万圩田，而是吾县一里长小街的街名。”说着，磨墨铺纸，写好证词，盖上大印，呈送皇上。
在这期间，慈禧险些每天都要派人催询光绪早日查办翁同龢强占良田“九万圩”的大案，光绪只得推三托四地拖延搪塞。半月后，那心腹返回京城，向光绪天子呈上了县官的书信复命。光绪急忙接过一看，这才明白了原形，放下心来。于是他立即嘱咐传翁同穌进见。不等翁同龢坐定，光绪就问道：“朕在半月前问你在常熟有九万圩之事，可还记得吗？”翁同龢道：“臣记得，但不知为何？”“你倒无忧无虑，朕半个多月来为你食不甘味，夜不安寝。”说着，光绪就把杨莘伯告状、慈禧问罪、常熟查访，逐一奉告翁同穌。翁同穌不听则已，一听不由得吓出了一身冷汗，好一会才规复常态，定下心来。翁同穌开口问光绪：“皇上，您怎么不说清楚啊！
”光绪只得苦笑着说：“朕也有苦衷·····现此案已清，还望老师今后多加把稳。”
翁同穌走后，光绪立时去见慈禧，说清了“九万圩”一案的原委，哀求惩办诬告他人的杨莘伯。但在慈禧的庇护下，此事末了不明晰之。从此往后，慈禧对翁同穌更挟恨在心。在戊戍变法的关键时候，慈禧逼迫光绪帝将翁同穌撵出北京城，削籍回到了常熟，从此面维新派失落去了中坚力量，导致变法百日就天折了。
